Sau Phong trào 30 tháng 9, Sitepu bày tỏ sự ủng hộ của ông đối với phong trào bằng cách chúc mừng nhà lãnh đạo Untung Syamsuri và cam kết trung thành với phong trào.[6] Sau cuộc đàn áp phản đối phong trào, Sitepu bỏ trốn khỏi Medan, thủ phủ Bắc Sumatra vào ngày 8 tháng 9 năm 1965 đến Kabanjahe ở Karo.[7] Ông bị bắt và đưa đến Jakarta vào ngày 4 tháng 11 năm 1965. Ông bị đưa trở lại Medan để xét xử bởi Tòa án Quân sự Đặc mệnh vào tháng 9 năm 1966. Tòa án kết án tử hình đối với Sitepu; năm 1980, ông được Tổng thống Suharto giảm án thành tù chung thân. Sitepu bị tống giam tại Nhà tù Tanjung Gusta ở Medan.[8]